菏泽市农业科学院为菏泽市人民政府直属正处级公益一类事业单位，挂山东省农业科学院菏泽分院牌子。主要职责：

一、组织开展现代化农业研究和基础研究、前沿研究、公益性农业科学技术研究，为市委、市政府和相关部门重大决策提供咨询建议。

二、承担农业新品种培育和栽培管理技术创新工作，向社会提供农业技术服务。

三、承担全市农作物种子资源收集、整理、保存、研究、创新和利用工作。

四、承担上级下达的科技创新、攻关、转化等科研任务。

五、承担农业新技术、新成果的引进、熟化、集成、示范和转化等工作。

六、开展农业科技合作交流、建设管理农业科技创新平台、培养实用型农业科技人才。

七、完成市委、市政府交办的其他任务。