菏泽市农业科学院设12个内设机构：

3个行政科室：办公室（党委办公室与其合署）、人事财务科、科研管理科、

9个业务科室：大豆研究所、小麦研究所、玉米研究所、经济作物研究所、蔬菜园林研究所、特色农业研究所、资源利用与植物保护研究所、生物技术研究所、农业产业化研究所 

1个服务中心：菏泽市农业科学院试验示范开发服务中心