市农科院从事小麦遗传育种、栽培生理、品质改良等研究与推广工作。现有小麦专业技术人员10人，其中研究员2人，高级农艺师2人，硕士研究生6人，市专业技术拔尖人才2人。现有国家小麦产业技术体系综合试验站、山东省小麦产业技术体系综合试验站2个农业科技创新平台。
建有小麦育种田和区域试验田300余亩，承担各级小麦新品种区域试验22项，涉及高产、强筋、节水和特色专用等多类型。收集整理和保存小麦种质资源1590份，其中强筋材料43份，中强筋35份，中筋1476份，特色专用36份。
近年来，通过审（认）定小麦品种19个，其中国家审定5个，山东省审定14个，获得植物新品种权保护13项。承担实施省（部）、市级科研项目30余项，获得各级科技奖励38项，发表论文90余篇，出版学术专著和科普著作7部，获得国家发明专利和实用新型专利4项。
创新科企合作模式，先后与国研（山东）种业、江苏明天种业、嘉祥诚丰种业等20余家企业合作，努力打造好“菏麦”系列品牌，为进一步扩大菏泽市农科院在社会上的知名度做出积极贡献。
